Während des ganzen 19. Jahrhunderts ist ein ständiges Bemühen um eine Verbesserung der Gruonwaldordnung im Gange. In der Holzwirtschaft herrschten katastrophale Verhältnisse und man tat sich schwer, Ordnung in die wilde Holzerei zu bringen. Hinsichtlich der Nutzung hatte man in den drei Gremien unterschiedliche Erwartungen.

Während sich die Gemeinden Altdorf und Flüelen Einkünfte in die Gemeindekasse erhofften und Nutzungsänderungen, gar Teilungsprojekten nicht abgeneigt waren, widersetzte sich Bürglen allen Versuchen, die traditionelle Nutzung einzuschränken. Die Bürgler Bauern verstanden den Gruonwald als gemeinsame Allmend mit gemeinsamer Nutzung für alle in den drei Kirchgängen sesshaften Korporationsbürger. 1858 beschlossen Altdorf und Flüelen grundsätzlich die Teilung des Gruonwaldes. Mit der Aufteilung der Streuenutzung wollte man einen Anfang machen. Bürglen widersetzte sich, ging gerichtlich vor und bekam beim Obergericht recht. Die Begründung: Das Landbuch weist den Gruonwald den drei Gemeinden gemeinsam zu. Eine Teilung gehe am Sinn und Zweck einer Allmend vorbei. Zudem habe sich die Minderheit der Mehrheit nicht ohne weiteres zu beugen.

Trotz dieses Urteils unternahm Altdorf 1877 einen weiteren Versuch, den Gruonwald zu teilen. Es wurde dabei von Flüelen unterstützt. Bürglen widersetzte sich erneut. 1867 trat mit dem Einverständnis aller drei Gemeinden eine neue Gruonwaldordnung in Kraft. Die Gruonwald-Kommission, die unter dem Präsidium des Altdorfer Gemeindepräsidenten stand, erhielt damit grössere Kompetenzen. So konnte sie nun die Holzvergabungen vornehmen, was früher die einzelnen Dorfgerichte getan hatten. Jede Gemeinde wählte weiterhin ihren eigenen Gruonwaldvogt. Die Gruonwaldverordnung regelte in 34 Paragraphen den Viehauftrieb, das Mähen der Streue, den Holznutzen, die Gruonwald-Plätze, die Aufgabenbereiche der Gruonwaldvögte und der Gruonwaldkommission, den Klägerlohn sowie die Annahme und die Aufkündigung der Ordnung. Kein Holz durfte in die Talebene herunter gebracht werden; dies war somit für den Eigenbedarf der Älpler und Bergbauern reserviert.

1895 sollte eine erneute Änderung der Gruonwald-Verordnung die Zuständigkeit der Kommission genau festlegen und ihre Kompetenzen erweitern. Gewichtig war, dass die drei gewählten Gruonwaldvögte der Kommssion unterstellt wurden. Auch das Forstpersonal (die auf Grund des kantonalen und korporativen Forstrechtes eingesetzten Revierförster und Forstingenieure) erhielten Aufgaben in der Holzerei zugesprochen. Die Vorlage sah jedoch vor allem das Mehrheitsprinzip vor. Bürglen opponierte und wollte an dem Einstimmigkeitsprinzip festhalten. Der Regierungsrat verweigerte in der Folge der Vorlage die Genehmigung. 1904 legte die Gruonwaldkommission wieder eine Revisionsvorlage vor. Altdorf und Flüelen stimmten zu. Bürglen hingegen trat auf die Vorlage nicht ein. 1915 erfolgte der dritte Vorstoss für eine neue Gruonwaldordnung. Die Kräfteverhältnisse waren bekannt.

Altdorf und Flüelen stimmten zu, Bürglen hatte gegen die Annahme nichts Grundsätzliches einzuwenden, machte aber verschiedene Einwände (Auflagenhöhe, Hagkosten, Schweinehaltung). Die Gruonwaldkommission ging über die Einwände hinweg, setzte die Ordnung auf den 5. April 1916 in Kraft und reichte sie dem Regierungsrat zur Genehmigung ein. Die Regierung lehnte die Einwände von Bürglen diesmal ab mit der Begründung, dass – sofern die Bestimmungen sich innert dem Erlaubten und den gesetzlichen Bestimmungen halten und keine besonderen Privilegien verletzen - sich nach dem Gewohnheitsrecht die Minderheit sich der Mehrheit zu unterziehen habe. Es wurde somit erstmals das Mehrheitsprinzip angewendet.

Das Holz des Gruonwaldes war früher für die Alpwirtschaft und für die Existenz der höheren Bergheimwesen dringend notwendig. Es gab somit privilegierte Heimwesen, die ein besonderes Holznutzungsrecht im Gruonwald besassen. Diese Rechte wurden 1915 bei der Grundbuchbereinigung angemeldet und wurden auch gehandhabt. Die älteren Gruonwald-Verordnungen verboten, das Holz ins Tal zu schaffen und dieses zu verkaufen. Im Lauf des 20. Jahrhunderts nahm der Stellenwert des Holzes für die Existenz der Bergheimwesen ab. Die aktuelle Ordnung von 1983 (revidiert 2011) sieht denn auch die Möglichkeit, Holz zu verkaufen explizit vor.