Der Wald bedeckt im Kanton Uri eine Fläche von zirka 20'500 Hektaren, das entspricht rund 19 Prozent des Kantonsareals. Der Waldanteil der Bodenfläche der Gemeinde Flüelen entspricht ungefähr diesem Verhältnis (17 Prozent). Demgegenüber beträgt der schweizerische Durchschnitt 27 Prozent. Von der bescheidenen Waldfläche kann nur ein Teil produktiv genutzt werden (Uri und Flüelen: ca. 60 %). 93 Prozent der Gesamtwaldfläche sind in Uri öffentlicher Wald (Korporationen, Kanton, Bund) und 7 Prozent Privatwald. Grösster Waldeigentümer in der Gemeinde Flüelen ist die Korporation Uri (ca. 425 ha). Das Waldgebiet wird hauptsächlich von der Korporationsbürgergemeinde Flüelen verwaltet.

Seit der Korporationsgemeinde im 2016 wurden die Waldflächen auf das Gemeindegebiet beschränkt. Die Zuteilung des "Änerlandes" in Seedorf ist aus einem im 17. Jahrhundert erfolgten Ausgleich hervorgegangen, wobei die Waldungen zwischen Schopfibach und Schardi den Bezugsberechtigten zu Altdorf, Flüelen und Seedorf zufielen. Dies wurde im Landratsprotokoll vom 18. Juni 1794 bestätigt. Die Streitigkeiten um die Holzverteilung schienen jedoch angedauert zu haben, denn am 5. August 1821 beschloss der Landrat die Aufteilung dieses Waldgebietes wie folgt: Die Genössigen zu Seedorf erhielten die Waldungen, die nicht an Altdorf und Flüelen zugeteilt wurden, wobei Altdorf - neben den Wäldern auf der Schattenseite im Gitschental - den Sonnigen-Wald und die Flüeler den Plattenberg- und den Riesbühl-Wald erhielten. Diese Aufteilung wurde anno 1842 bestätigt an der Korporationsgemeinde im Mai 2016 wurde dies jedoch aufgehoben.

1705 ist "denen von Flüelen nach alten Rechtsamen, Siegel und Briefen" die Benutzung des Franzen- und Lauwitals übergeben worden. Diese Wälder sind nach dem Trennungsdekret von 1943 in das Eigentum der Korporationsbürgergemeinde von Flüelen gefallen.

Nach einem Landsgemeindebeschluss von 1675 gehört der Gruonwald "denen zu Altdorf, Bürglen und Flüelen". Der Gruonwald wird von den drei Korporationsgemeinden verwaltet.